eQTL、pQTL联合生信分析超级混合分析思路

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有粉丝问：eQTL、pQTL数据挖掘可以联合生信分析吗？进行多角度互动验证？这个当然是可以的。具体思路和流程如下：

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• 一、数据的下载
• 1、结局数据
• 2、eQTL数据
• 3、pQTL数据
• 4、生信分析数据
• 二、数据的整理
• 1、转换SNP ID
• 2、合并、计算需要的效应量
• 3、筛选强相关的SNP
• 4、剔除连锁不平衡
• 5、探针名转换为基因名
• 6、表达数据的标准化处理
• 三、数据分析
• 1、批量eQTL MR分析
• 2、批量pQTL MR分析
• 3、基因表达差异分析
• 4、上述阳性结果取交集
• 四、结果的整理
• 1、绘制表格
• 2、绘制图形

相关数据的下载、过滤处理：

eQTL批量MR分析：

pQTL批量MR分析：

生信分析：

多角度联合分析取交集：

上述分析工作量是非常大的，特别是下载和整理eQTL、pQTL数据上，需要消耗大量时间的，对电脑和网络要求非常高，普通电脑根本处理不了，不过可以直接使用专业人士处理好的数据，这样就可以大大节省时间和精力，降低分析成本。

即使是利用别人处理好的数据分析都需要大量时间，整个分析流程下来，需要运行20天左右，工作量还是不少的，越是有难度的东西就越值钱，容易发高分文章，发文章就是这样的，太简单的东西不好发，特别是基础研究。上述思路还可以往下补充实验验证，扩展性非常强，除了用来发文章还可以作为开题、申请课题。

本文只分享思路和步骤，剩下的细节问题需要自己去摸索。