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相信大家对于GEO、TCGA、SEER数据库已经很熟悉了。但是如果问到你OMIM数据库是什么,估计会得到一大堆问号???
事实上,OMIM是一个全面且权威的人类基因与遗传表型概要的在线数据库,OMIM(OnlineMendelian Inheritance inMan)数据库中文全称为在线人类孟德尔遗传数据库,主要供与遗传疾病有关的医生和专业人员、遗传学研究人员以及医学生使用。
该数据库免费向公众开放,可以免费提供下载数据,并且每日更新!!!
截至2021年8月,OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过16000个基因的信息。
OMIM关注基因型与表型之间的关系。换言之,当你不知道一个病受什么基因影响的时候,上OMIM数据库!!!当你不知道一个基因与什么疾病有关的时候,上OMIM数据库!!!当你十分想了解某个基因与某个疾病之间的联系的时候,上OMIM数据库!!!总之,就对了!
OMIM数据库网站地址是http://www.omim.org/普通浏览器就就可直达。需要下载线上数据时,免费注册账号即可下载,并且网站会实时通知用户所需数据的更新。
找到网址只是开始,科研人在日常钻研的道路上,弄清楚它是什么怎么用才是硬道理!手持各路强大的工具包才能更快更强哇。
今天解螺旋又带着一碗满满的干货来啦~一起来干饭叭!
01PARTOMIM有什么用呢?
刚一打开网页,就被这简约大气上档次的理工画风征服,果然是知名度第一的遗传分析师常用数据库,没有之一。
从表面上看,OMIM数据库主要包括疾病信息及基因信息两大板块。
疾病信息中主要包括疾病的发现、疾病的致病基因、临床特征、遗传模式等,基因信息则包括基因定位、与基因相关的临床表型、基因功能、基因研究进展等。
在检索框中输入临床特征、表型、基因名称、基因定位等均可以对目标信息进行搜索,从而得到你想要的答案。
02PARTOMIM该怎么用呢?
首先,我们应该弄清楚的是OMIM作为一个遗传学的知名数据库,都收录了些啥哦?
截至2021年8月13日,OMIM数据库共收录了16541项基因描述条目,收录了分子基础已知的表型描述共6160条,图中所有条目共计26010条。
在8月才过了不到一半的时候,OMIM的数据库已然更新了很多内容,用日新月异来形容只能说是相当贴切了!
03PART用了OMIM数据库,我又能干嘛呢?
Let’ssee see!
从基因检索模式进行初探,以P53基因为例,输入“P53”后,点击“search”,点击顺序第一条进入到基因功能页面,即可看到关于该基因及与之对应的遗传疾病描述。当一个基因存在别名时,也可以直接选择用HGNC的基因命名体系进行检索哦。
上图中*则对应其OMIM编号,数字前的符号及数字开头分别具有不同的意义:
点击上图左侧的目录下对应标题即可实现快速超链定位,查看该部分的具体信息。主要包括基因与疾病的关系、临床特征、生化特征、致病机制、临床诊断与治疗、临床管理、动物模型等多方面。
点击“
Gene-PhenotypeRelationships”就可以超链到最重要的基因与表型之间的关系啦。在这个部分,我们不光可以看到基因在染色体中的位置、基因相关的表型,还可以看到基因的遗传类型及表型对应的OMIM编号哦。
关于基因与表型关系的可视化图也可以实现哦,像这样
还有这样
还有更多关于表型的检索模式等着你一起来探究哦~
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私信后台回复:OMIM数据库
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