高颜值,随心搭!画一个高分文章中的进化树并不难

高颜值,随心搭!画一个高分文章中的进化树并不难ggtree提供了多种进化树格式数据的读取,并且能够读取并转换BEAST, r8s,RAxML等软件所生成的数据。

欢迎大家来到IT世界,在知识的湖畔探索吧!

高颜值,随心搭!画一个高分文章中的进化树并不难

ggtree提供了多种进化树格式数据的读取,并且能够读取并转换BEAST, r8s,RAxML等软件所生成的数据。轻松实现基于R的进化树高级绘图。

ggtree也是基于ggplot2的扩展包,绘图原理和绘图参数设置的风格都和ggplot2相似,同时ggplot2的很多参数也是可以直接使用。所以有一定的ggplot绘图基础,并且结合heatmap很容易上手并画出精美的进化树。

ggtree美图来袭

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ggtree可以识别多种进化树格式:

Newick

Nexus

New Hampshire eXtended format (NHX)

Jplace

Phylip

ggtree可直接读取下列软件的输出文件

BEAST

EPA

HYPHY

PAML

PHYLDOG

pplacer

r8s

RAxML

RevBayes

常用软件输出格式数据的读取

read.newick读取newick格式数据

read.beast读取BEASE软件输出数据

read.codeml读取 CODEML (rst and mlc files)软件输出数据

read.codeml_mlc读取CODEML 软件输出的mlc格式数据

read.hyphy读取HYPHY软件输出数据

read.jplace读取软件EPA and pplacer输出的 jplace 格式数据

read.nhx读取软件PHYLODOG and RevBayes 输出的NHX 格式数据

read.r8s读取r8s软件输出数据

read.raxml读取 RAxML软件输出数据

ggtree绘制进化树有两种模式Phylogram (默认)和Cladogram (通过branch.length=’none’参数设置):

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同时,ggtree的常用展示方式有四种,分别是rectangular,slanted,circular,fan,可以通过layout参数设置:

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ggtree包的学习或者使用可以按照下面的网址进行,介绍非常详细:

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/ggtree.html

学习模块:

Tree Data Import tree文件的读取

Tree Visualization tree的可视化

Tree Manipulation tree细节修改

Tree Annotation tree注释

Advance Tree Annotation tree高级注释

ggtree utilities tree其他实用修饰工具

绘图主函数ggtree的常用参数:

tr丨读入的tree文件

mapping丨映射关系

layout丨展示方式 ‘rectangular’, ‘slanted’, ‘fan’, ‘circular’, ‘radial’, ‘equal_angle’ or ‘daylight’

open.angle丨开合角度,只对fan模式有效

as.Date丨在绘制time tree时使用

ladderize丨显示方法

branch.length丨设置tree模式,默认Phylogram, 设置为none的时候是Cladogram

ndigits丨注释变量数值的精度

丨其他参数,比如颜色,线形,字体大小等等

ggtree的两种绘图方式:

1.ggplot模式:

ggplot(tree, aes(x, y)) +geom_tree() +theme_tree()

2.ggtree模式,大家直接使用这种模式即可:

ggtree(tree)

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示例

非常简单的一个例子,来自官网:

欢迎大家来到IT世界,在知识的湖畔探索吧!nwk <-system.file("extdata", "sample.nwk", package="treeio") #nwk文件在电脑中的位置,ggtree包提供的示例文件
tree <-read.tree(nwk) #读取nwk格式树文件
欢迎大家来到IT世界,在知识的湖畔探索吧!ggtree(tree) +geom_text2(aes(subset=!isTip, label=node), hjust=-.3) +geom_tiplab() #绘图

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注:官网有非常详细的使用教程,图文并茂,代码清晰明了,可供学习

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtree/inst/doc/ggtree.html

参考文献:

Yu G,Smith D K, Zhu H, et al. ggtree: an r package for visualization and annotationof phylogenetic trees with their covariates and other associated data[J].Methods in Ecology & Evolution, 2017.

/End.

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