经常有人截一张或几张生物软件报错的图给我,咨询一下错误原因,一般面对这种情况,我的内心都是奔溃的,尤其是我在手机上看的时候,因为屏幕太小,看不清。即使看清了,我也不知道什么原因。因为,我还做不到图像识别,看到什么软件报错,都能立刻给出原因,但是可以给出一些建议啊……
处理软件错误分为两步:
第一,诊断原因;
第二,寻找解决方案。
软件为何会出错?
在命令行模式下运行生物软件,主要考虑三个因素。软件,输入文件,选项参数。那么可能出错的地方也就在此。部分情况下也可能是硬件问题,比如资源不足。
1、command not found
这样的错误,原因就是软件没有安装,或者是软件路径没有写正确,还有一种可能是软件名写错了,或者没有区分大小写;
解决方案:
1、检测软件是否安装正确,有可执行程序,使用全路径试一下;
2、将软件可执行程序路径添加到.bashrc 文件中的PATH变量中
2、No such file or directory
如果敲软件名,软件可以运行,或者之前软件都可以运行,那么绝大部分就是输入文件的问题。输入文件经常出现“No such file or directory”,这就是因为输入文件路径写错了,在R语言中“Error: object ‘x’ not found”的错误与之类似。那么检查一下这个对象是否存在,是否有值。
解决方案
检查文件路径是否正确,文件是否存在;
3、文件格式
对于输入文件,另一个比较重要的错误就是文件格式。每一款软件都需要严格的输入文件格式,比如fastq,fasta,sam,bam,vcf等,不能随便输入。还有就是数量的问题,软件需要输入三个文件,你就不能输入两个,也不能输入四个。
4、软件选项参数
如果软件和输入文件都没有错误,那么就有可能是选项参数的问题。检查选项参数是否写正确,-i 是否写成-a了,是否忘了加空格。一般这种情况下,软件不会运行,而是给出帮助信息。
5、Permission denied
这个是因为没有写的权限,就会提示,“Permission denied”,有些软件默认安装到系统目录,普通用户没有权限往这些路径写内容。
6、缺少libxxx.so文件
这种一般是缺少配置,可能是系统中没有安装相应的软件包,也可能是安装了,你没有添加到到自己配置文件中。这种问题一般都是Google一下,或者bing一下错误,查一下到底缺的是哪个软件包,这种一般都是系统文件,找到之后通过yum或者apt安装上软件包就可以了。
如何解决错误?
如果是像上面介绍过的错误,一般容易发现,比较好解决。但是软件、输入文件,选项参数都检查过了,还是提示错误,该如何解决呢?
1、学会分析问题
好的软件在内部都会有处理错误的机制,比如perl或者python的程序,一般会提示错误,面对错误,一定要做到,不要害怕。尝试阅读提示内容。如果发现里面有Memory,那么就可能是和内存相关,是不是内存不够用了。如果是包含Socket,那么可能是网络问题等;
2、Google一下
你所遇到的问题,几乎别人都遇到过,所以,Google一下,或者bing一下错误,看一下别人同样的问题是如何解决的,Google几乎可以找到所有的报错内容。但是你最好要学会搜索,不要把好几页的错误内容都去Google,要学会使用关键字,至于如何使用个关键字搜索,这个你自己Google一下吧。
3、控制单因素变量测试
如果以上方法都试了,还是找不到错误,就尝试控制单因素变量,进行测试。例如有这样的代码,
barplot(x,xlab=
”, ylab=
“genexpression”,names.arg=c(
“Control”,
“Cold”,
“Osmotic”,
“Salt”,
“Drought”,
“Genotoxic”,
“Oxidative”,
“UV-B”,
“Wounding”,
“Heat”),col = c(brewer.pal(
9,
“Blues”)[
1],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
2],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
3],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
4],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
5],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
6],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
7],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
8],brewer.pal(
9,
“Blues”)[
9]),cex.axis=
1.5,cex.names=
1.5,legend.text= c(
“0 Hour”,
“After 0.25 Hour”,
“After 0.5 Hour”,
“After 1 Hour”,
“After 3 Hours”,
“After 4 Hours”,
“After 6 Hours”,
“After 12 Hours”,
“After 24 Hours”
),args.legend =
list(x =
“right”,cex=
1),beside=
TRUE)
abline(h=
0)
上面是一条很长的绘图函数。一次运行会出错,那么怎么办呢。这个时候就一点点筛选,到底是哪个地方出现了问题。
首先
barplot(x)
如果没有问题,在一点点加选项,直到找到出错的地方为止,就是这样。而不是全部代码中去查找。
4、截取部分数据测试
如果感觉数据有问题,就换另外的小数据测试一下,或者截取部分进行测试。比如人基因组很大的数据,如果运行程序出错了,可以用head命令每个截取一部分进行测试。
总结
以上只是我个人的一些总结,实际过程中,软件的错误是千变万化,五花八门的。这个还需要自己多去实践,尝试学会自己解决问题,因为,你每解决一个问题,就是一次很大的提高,每个人都是这么走过来的,唐僧也是需要经历九九八十一难才成佛的。
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